与从石油中提取的合成聚合物不同，天然聚合物存在于自然界中，可以提取。这些聚合物是通过加成聚合或缩聚过程形成的。天然聚合物的一个很好的例子是在树上发现的天然橡胶，在经过硫化过程之前作为树乳胶收获。其他天然聚合物的例子包括蛋白质、纤维素、羊毛、DNA和丝绸。

干热灭菌

干热是常用的聚合物杀菌方法之一，但它对合成聚合物比天然聚合物更有效。
干热灭菌包括通过燃烧、焚烧或热风炉将含有细菌的标本暴露在高温下。一般来说，除粘胶外，大多数天然存在的聚合物都不适合干热灭菌，结果还不错。

辐照

这种方法通常包括将包装好的高分子材料暴露于辐射中以达到杀菌的目的。这种方法的有效性取决于所使用的辐射类型及其穿透水平。伽玛射线和电子束方法具有更强的穿透力，是大型聚合物制造医疗设备杀菌的理想方法。
标准电子束辐射剂量可能在2至4百万或20至40公斤之间。然而，剂量可以根据灭菌室内的包装密度和灭菌后的天然聚合物性质而变化。需要注意的是，某些聚合物类型的颜色和机械性能会受到辐射的影响。
伽马射线也被广泛用于一次性医疗设备的消毒，包括注射器、插管和静脉导管。

与伽马照射具有良好相容性的天然聚合物包括纤维素、醋酸纤维素、棉花、天然橡胶、粘胶和人造丝粘胶。纤维素和醋酸纤维素也与电子束杀菌相当兼容。

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环氧乙烷

环氧乙烷灭菌是理想的聚合物制造的设备，不能容忍湿气或热。该方法非常有效，尽管使用该方法消毒的设备需要几个小时的曝气才能去除残留气体。环氧乙烷是剧毒的，设备在接触这种气体之前需要完全干燥。与这种杀菌方法相容的天然聚合物包括纤维素、醋酸纤维素和粘胶。

蒸汽高压灭菌器

蒸汽高压灭菌法是另一种受欢迎和强烈推荐的灭菌技术。高压灭菌包括使用热水分和热来杀死聚合物物质上的微生物和细菌。循环时间和使用的合适温度取决于聚合物家族。典型的周期在15到30分钟之间，温度在121到134摄氏度之间。医疗工业中使用的大多数天然聚合物都不能承受长时间重复暴露在高温和热蒸汽中，除了纤维素，这表明与这种灭菌方法具有良好的兼容性。